A Escola de Ensino Médio de Alto Desempenho de Tóquio, uma das instituições mais prestigiadas do país, afirma atender a quase 100% das aspirações dos alunos em relação ao ingresso em universidades e ao mercado de trabalho. Além de contar com equipamentos de última geração, a escola distribui mensalmente pontos equivalentes a 100 mil ienes e ainda permite total liberdade quanto ao estilo do estudante. É um lugar que realmente parece o paraíso. No entanto, sua verdadeira natureza é a de uma escola meritocrática, na qual apenas os alunos mais talentosos são favorecidos. Por algum motivo, o protagonista Kiyotaka Ayanokouji não dá tudo de si durante a prova de ingresso e acaba sendo alocado para a Classe D, a pior de todas, ridicularizada como um lugar onde são reunidos os “produtos defeituosos”. Ao conhecer Suzune Horikita, uma bela garota da mesma classe, excelente nas notas, mas de personalidade extremamente difícil, e Kikyou Kushida, uma jovem angelical, cheia de gentileza e consideração, a situação de Kiyotaka começa a mudar… Da consagrada dupla de autores, surge um novo apocalipse escolar!?